En el hall colonial de la capilla, incrustados en la pared, se encontraban los confesionarios, a través de los cuales las religiosas penitentes se comunicaban con el sacerdote.

En la capilla del convento, hoy Gran Salón Santa Clara, todavía se puede observar en la pared el trazado del altar. El altar original fue trasladado a la capilla del convento de Nuestra Señora de la Candelaria en la cima del cerro de La Popa. Las paredes de toda el área colonial están muy bien conservadas, con pintura hecha a base de cáscara de huevo.

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